Emanuel nació el 17 de mayo de 1909 en La Haya, el mayor de los tres hijos de Andries Wijzenbeek y Eva Verveer. Vive con su esposa Marietje y sus dos hijos en Eindhoven, donde trabaja como representante de ventas en Philips. En la época de la ocupación alemana, su origen neerlandés-israelí le exponía a un grave riesgo de persecución, lo que no impidió a Emanuel ayudar a los creyentes escondidos. Para ellos, gestiona direcciones de escondite, documentos falsos y tarjetas con vales. Durante mucho tiempo, Emanuel consigue mantener en secreto sus actividades clandestinas, pero a principios de enero de 1944, los alemanes le siguen la pista y le detienen en Eindhoven el 14 de enero. Para ser interrogado, es recluido en la prisión de Scheveningen, el "Oranjehotel", tras lo cual es trasladado a Auschwitz a través del campo de Westerbork. Allí es asesinado el 15 de mayo de 1944, presumiblemente en las cámaras de gas. Emanuel tiene 34 años. Su mujer (entonces embarazada de su tercer hijo) y sus hijos sobrevivieron a la guerra.
En el barrio de Acht, en Eindhoven, una calle lleva su nombre, Maan Wijzenbeeklaan.
Su mujer (católica) estaba embarazada de un hijo cuando Emanuel Wijzenbeek fue detenido. Nueve días después de la muerte de Emanuel, dio a luz a un hijo.
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