Emanuel è nato il 17 maggio 1909 a L'Aia, il maggiore dei tre figli di Andries Wijzenbeek ed Eva Verveer. Vive con la moglie Marietje e i due figli a Eindhoven, dove lavora come rappresentante presso la Philips. All'epoca dell'occupazione tedesca, le sue origini olandesi-israeliane lo espongono a un forte rischio di persecuzione, ma questo non impedisce a Emanuel di aiutare i compagni di fede che si nascondono. Per loro, organizza indirizzi per il nascondiglio, documenti falsi e carte di credito. Per molto tempo Emanuel riesce a mantenere segrete le sue attività clandestine, ma all'inizio del gennaio 1944 i tedeschi lo rintracciano e lo arrestano a Eindhoven il 14 gennaio. Per l'interrogatorio viene detenuto nella prigione di Scheveningen, l'"Oranjehotel", dopodiché viene trasportato ad Auschwitz attraverso il campo di Westerbork. Qui viene ucciso il 15 maggio 1944, presumibilmente nelle camere a gas. Emanuel ha raggiunto l'età di 34 anni. Sua moglie (allora incinta del terzo figlio) e i suoi figli sopravvissero alla guerra.
Nel quartiere di Eindhoven di Acht, una strada è stata intitolata a suo nome, Maan Wijzenbeeklaan.
La moglie (cattolica) era incinta di un figlio quando Emanuel Wijzenbeek fu rastrellato. Nove giorni dopo la morte di Emanuel, diede alla luce un figlio.
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