Naftalie was de zoon van de Haarlemse rabbijn Simon Philip de Vries en Judith de Jong. Hij groeide op in Haarlem, voltooide zijn middelbare schoolopleiding en was korfbalspeler en jeugdsportleider. In 1929 trouwde hij met Mirjam 'Mik' Davida Roos; zij kregen twee zonen. Na in verschillende Nederlandse steden te hebben gewoond, verhuisde het gezin in 1939 naar Haarlem en stond in maart 1941 als onderhuurders geregistreerd op Wagenweg 142r.
In augustus 1942 negeerde Naftalie een oproep om zich te melden voor deportatie en dook het gezin onder in Nieuwkoop. Ze werden verraden; toen de politie op 7 april 1943 arriveerde, gaf Naftalie zich over om anderen te beschermen en werd hij samen met zijn vrouw en kinderen gearresteerd. Ze werden naar Amsterdam gebracht en vervolgens geïnterneerd in Westerbork. In januari 1944 werd het gezin gedeporteerd naar Bergen-Belsen. Op 11 april 1945, tijdens een gedwongen transport naar Theresienstadt, stierf Naftalie op 42-jarige leeftijd van honger en uitputting in de buurt van Lüneburg. Hij werd later herbegraven in Haarlem.
